Peluncuran game The Callisto Protocol ternyata tidak semulus seperti yang diharapkan. Versi PC game ini memiliki masalah teknis yang membuatnya sampai mendapat review Mostly Negative di Steam. Kendala yang dialami adalah mengenai stutter dalam game akibat fungsi shader. Akibatnya game menjadi patah-patah dan tidak nyaman saat dimainkan.
Masalah ini cukup serius sampai membuat developer Striking Distance angkat bicara. Melalui akun Twitter @CallistoTheGame, developer menyatakan bahwa akan memperbaiki masalah tersebut. Mereka telah mempersiapkan update dalam beberapa jam ke depan yang diharapkan bisa memperbaiki masalah yang dialami The Callisto Protocol versi PC.
We’re aware that some users are experiencing stuttering issues on the PC. We’ve got a patch that will be available in a few hours to improve performance, with a number of additional updates on the way.
— The Callisto Protocol (@CallistoTheGame) December 2, 2022
Sebelumnya The Callisto Protocol juga sempat bermasalah mengenai konten DLC. Menurut keterangan yang tercantum dalam season pass game ini, ternyata ada beberapa animasi mati dalam game yang baru bisa dilihat jika membeli DLC tertentu. Informasi ini lalu dibantah oleh developer The Striking Distance yang mengatakan bahwa animasi mati dalam DLC adalah adegan baru dan hanya diperuntukkan untuk DLC tersebut. Animasi mati ini tidak berhubungan dengan basegame.